Игровой искусственный интеллект (AI) врагов существенно улучшен по сравнению с Far Cry, он стал более реалистичным и правдоподобным. Вражеские солдаты постоянно используют тактические манёвры, работают в команде, скрываются и устраивают засады на местности, а также адаптируются к изменяющейся окружающей среде и условиям. Искусственный интеллект солдат также реагирует на звуки и движения, вызванные движением игрока[27]. Пока вражеские солдаты не вовлечены в бой, они показывают типичное и вполне жизненное поведение. Они курят, зевают, разговаривают, испражняются, ремонтируют машины, патрулируют местность, приветствуют вышестоящих офицеров и т. д. Иногда эти действия зависят от того, был ли игрок обнаружен ранее. Если Номад не был увиден в некоторых миссиях, он может найти врагов, спящих после его прибытия к месту назначения. Если протагонист будет замечен, поднимется тревога, и враги будут предупреждены.
